MI Darul Muttaqin termasuk madrasah inklusif, Sehingga MI Darul Muttaqin telah menetapkan keadilan dalam pendidikan dimana satuan pendidikan menerima peserta didik dengan berbagai latar belakang kemampuan diri. Untuk itu, MI Darul Muttaqin merancang program inklusif dalam bentuk program individu yang dapat memfasilitasi peserta didik berkebutuhan khusus dengan berbagai kategori.
Program individu disusun dengan penyesuaian kebutuhan masing-masing peserta didik, baik akademik maupun non-akademik. Program ini disusun oleh tim guru shadow dengan melibatkan orang tua dan terapis atau psikolog. Hal utama yang diperhatikan dalam proses penyusunan program ini adalah bagaimana peserta didik dengan kebutuhan khusus mampu melakukan kecakapan dasar, keterampilan hidup, dan penumbuhan percaya diri. Kegiatan yang bertujuan untuk mengembangkan kompetensi baca, tulis hitung, cara bersosialisasi dan kemandirian merupakan bentuk program individu tersebut. Program ini pun akan dilakukan evaluasi secara berkala setiap tiga bulan sekali atau bisa lebih cepat jika ada kondisi khusus untuk penyesuaian sehingga dapat terlihat bagaimana perkembangan peserta didik yang disertai pendamping dengan biaya mandiri.
Pengondisian dalam lingkungan belajar dan bermain menjadi fokus utama lainnya sehingga peserta didik mampu belajar hal positif dari lingkungan sekitarnya, penerimaan yang baik dari lingkungan sekitar dan terhindar dari kasus bullying, sehingga madrasah semakin dipercaya hingga tahun ajaran 2025/2026 ini siswa berkebutuhan khusus berjumlah 33 siswa.
